Jedinečnosť akvaponicky vypestovanej zeleniny spočíva predovšetkým v jej bio kvalite. A to tým, že pri jej pestovaní sa nepoužívajú žiadne umelé hnojivá ani chemické postreky.
Prínosom však nie je len produkcia, akvapónia má výhody v širšom kontexte. Je to prirodzený kolobeh. V konvenčnom poľnohospodárstve treba pôdu predzásobiť živinami, prihnojovať atď., pričom v akvapónii sa nemusí používať ťažká agrotechnika ako na ornej pôde, ktorej čím ďalej ubúda a je znehodnotená. Pôda ako taká obsahuje aj ťažké kovy a je znečistená, zatiaľ čo v akvaponickom systéme k tomu nedochádza.
V akvapónii dochádza k dokonalému využitiu priestoru a plochy na rozdiel od konvenčného pestovania v pôde, pri ktorom sme nútení pestovať len v sezóne a hrozí nám, že o úrodu prídeme v dôsledku napadnutia škodcami, chorôb, vplyvom sucha alebo naopak, záplav.